Seni nostāsti vēsta, ka šajā alā no vajātājiem ir slēpies lībiešu virsaitis Runtiņš, tāpēc dažreiz ala tiekot saukta par Runtiņa alu.
Kubeseles ala ir izveidojusies augšdevona Gaujas svītas smilšakmeņos ilgstošas pazemes ūdeņu darbības rezultātā (sufozijas ala). Ala atgādina lielu istabu ar 1,3 m platām durvīm. Kubeselas alas aptuvenais garums ir 5-6 m, griestu atsegums līdz 3 m. Smilšakmeņi ir sīkgraudaini, vāji un vidēji cementēti. Alas sienu un griestu smilšakmeņos novērojams horizontālais slāņojums. Var redzēt, kā, pazemes ūdeņiem plūstot caur ūdens caurlaidīgiem, sīkiem smilšakmens slānīšiem un plaisiņām, ir nogulsnējies dzelzs hidroksīds, veidojot rūsganu, sīku slānīšu kārtojumu.
Kubeseles ala ir vietējās nozīmes aizsargājams ģeoloģisks objekts.